对于症状较轻者，5岁后行根治术;在婴儿期，如果紫绀明显，反复出现，并发呼吸道感染，如支气管炎、等，可先行分流术，长大后再行根治术。
然而对于有些先心病患儿来说，生命和治疗时机是以“小时”计算，如大动脉转位，出生后就必须手术，否则孩子会突然发生夭折，或丧失矫治手术的机会。另外有些患儿的生命以“月”计算，如患有大的室间隔缺损，如果不及时做手术，会因为反复心力衰竭、，影响孩子的发育，还会发生严重，而失去手术机会。还有部分情况，若为室间隔缺损、房间隔缺损或较大的患者，反复发生肺炎、心衰合并肺动脉高压，应在1岁内手术。
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