胎儿先天缺陷较为常见的是单发畸形，主要指神经管畸形、、等，常为多基因遗传病。有关报道认为，先天性畸形的10%～25%与遗传因素有关，10%～20%与环境因素有关，遗传与环境共同作用的因素占60%～80%。
可以表现为常显性或隐性遗传，以及X连锁显性或隐性遗传，也可为多基因遗传。脑积水合并常为多基因遗传，病例(如21或18三体综合征)常可伴有脑积水。在非遗传病例引起的脑积水如肿瘤压迫第三、第四脑室，或由病毒、巨细胞病毒、弓形虫或腮腺炎病毒等感染引起的脑组织炎症黏连，再次妊娠可不发生此症。 肢体畸形 包括多指趾、并指趾、畸形足、关节异常、髓关节脱臼、短肢等。指趾畸形如多指趾或并指趾，可见于常染色体显性或隐性遗传，有家族史。
指趾畸形有时合并其他部位畸形，有时只单肢发病，有时四肢均有畸形。 环境因素对肢体畸形有很大影响，20世纪60年代欧洲发生的“反应停事件”，出现了成千上万例海豹短肢畸形儿，引起了人们对于药物致畸的重视。动物实验发现，用大剂量可引起短肢并指等畸形。此外，酰胺亦可能影响胎儿的肢体发育。
单纯唇主要为多基因遗传。通常，健康孕妇胎儿发生唇裂的概率是1‰ 生育一胎唇裂患儿的夫妇再生育唇裂胎儿的风险概率要高一些。
环境因素常影响唇腭裂的发病率。例如，父母亲年龄、妊娠期用药、疾病等。妊娠剧吐持续3个月或更长者，唇腭裂的发生增高。妊娠期的病毒感染如TORCH感染，孕妇的疾病如、等亦会增加唇腭裂的发病机会。此外，妊娠早期服用抗癫痫药物，或服用苯巴比妥、安定、水杨酸盐等，可增加发病率2～10倍。 |
